生存危机
联邦和同盟的战争持续了整整几十年，地球与火星也被破坏的满目疮痍，资源能源被过度的开采应用，到了机甲战争的末期双方都进入了资源极度匮乏的阶段。
为了终结这场战争，失去理智的联邦决定采用尚在试验阶段的最新科研成果：正反物质湮灭装置，这是基于反物质原理开发出来的一种设备，正反物质的互相湮灭可以释放出巨大的能量。之前，这种设施一直被用于高能物理的研究领域，小规模的湮灭一直在可控的范围内，联邦的政府高层都幻想着可以用这一手段一劳永逸的解决问题。
2089年3月5日，联邦决定对同盟秘密投放大规模正反物质湮灭装置，同盟的情报部门早就获悉这一行动，派出一个小型突击舰队和三个整编的机甲小队袭击联邦的行动小队，同盟的突击舰队成功的拦截了联邦的运输舰，击毁了联邦全部的护卫舰船，在运输舰内的联邦指挥官，霍特上校眼见行动失败，开启了湮灭装置，地狱之门被打开了。
正反物质湮灭的规模和反应的范围迅速扩大，很快就波及到了地球与火星，2颗星球的大气层被肆虐的能量流冲击的消失殆尽，人类到了毁灭的边缘。在这危机的关头，从被能量流冲击的已经偏离轨道的月球背面飞出了一艘碟形飞船，整艘飞船被蓝色的能量罩包围着，无惧那充满了外部空间的能量乱流，用超出人类认知的手段平息了这场灾难。
这一日被称为浩劫之日，也被称为新纪元的开始，被定为宇宙历元年1月1日。地球120多亿和火星近80亿的人口在这一天幸存下来的不到5%，星球的地表一片荒凉，生态环境几乎被完全摧毁，人类终于品尝到了自己一手造成的恶果。
方舟计划
一个星期之后，联邦和同盟幸存下来的人们派出他们所有最精英的科学家登上了那艘神秘的飞船，却没有任何智慧生物的痕迹，似乎是一艘被它主人抛弃的空船，之前的行动只是这艘飞船智能AI的自动防卫反应。
值得庆幸的是，人们在这艘飞船的导航系统里找到了残存的银河系星图，在星图里人们发现了距离太阳系1万多光年之外靠近银心的几个恒星系有和太阳系相似的环境，这让人类看到了希望，而方舟计划就此展开。
在接下来的时间里，人类调动所有的资源和人力物力来建造巨大的星际运输船，同时科学家们也日夜不停地研究那艘未知文明的飞船。
表面上看来人类似乎从来没有象这样抛弃了种族，地域，文化的界线，为了同一个目标而齐心努力着，但事实并非如此，人类的私心和欲望从来都没有停止过，方舟计划内部暗流涌动，无论是联邦还是同盟都分成了几大利益集团。
宇宙历12年3月15日，长达20公里原联邦政府建造的星际运输船“曙光号”升空，随行各种大小舰只共计有85艘，满载着8千多万人和他们的希望飞向遥远的银河深处。
两个月后，原同盟政府的“希望号”随同护卫舰、补给舰、运输舰等共67艘飞船飞离火星轨道。
之后的半年里联邦商业联盟的“探索者号”飞船；亚瑟民间商业联合会的“未来号”；轩辕集团的“成功号”，纷纷起航，载着剩余的2亿人类和巨大的基因库飞向那未知的星域。
宇宙历12年12月22日，最后一批人类离开太阳系，新的纪元开始了！
外星遗迹
经过长达五年多的超空间旅程，5个舰队分别抵达了各自的目的地：距离银心约1万5千多光年的几个恒星系。入侵家园
宇宙历583年2月，在一个小型的能源结晶矿被开采光后，发现了埋藏在底部的一个古老的星际之门。
在向星门充满能量后，恶梦开始了，星门闪动着诡异的红光，打开了连通恶魔的通道，无数的异形生物从中蜂拥而出，开始了向人类的攻击。
措手不及之下，人类损失惨重，不过异形生物并没有象遗迹城市发动攻击，似乎是害怕其强大的防卫火力和坚不可摧的能量护罩，而是通过约迁点冲向了现实宇宙。
在异形生物的攻击下，人类占领的殖民星球数目锐减，黄金时代一去不复返，只能保有主星和附近的一些殖民星球。这场战争中，机甲起到了举足轻重的作用，虽然异形生物的个体战力远远不及人类最强的单兵做战武器机甲，但它们数目太多，捍不畏死，所以人类只能维持在战略防御阶段。
异形生物在最初的几次疯狂攻击之后也放缓了节奏，战乱就这样持续下去，人类也慢慢开始研究这种未知的生命，他们发现这种生物和那个消逝的文明以及能源结晶有着千丝万缕的联系，可是事实如何，一切都是一个谜。
待续...